Буква Я - "хитрая" буква. В зависимости от позиции в слове она может "выполнять разную работу" (т.е. называть (обозначать) 1 или 2 звука).

Первая работа буквы Я: называние двух звуков [й^,],  [а], если стоит в начале слова или после гласного.

Вторая работа буквы Я: называние одного звука [^,а], если стоит после мягкого согласного.

Например, в слове яма - 3 буквы и 4 звука (Я стоит в начале слова и называет 2 звука [й^,], [а]);

в слове стая - 4 буквы и 5 звуков (Я стоит после гласного и называет 2 звука [й^,], [а]);

в слове мяч - 3 буквы и 3 звука (Я стоит после мягкого согласного и называет 1 звук [^,а]).